Он был создан 11-го июля 1991 года на фоне возросшей криминогенной и социальной напряженности того времени.
Одной из основных функций отдела специального назначения является освобождение заложников.
Так, 14-го июня 1994 года четверо подследственных, вооруженных заточками, захватили в качестве заложника женщину-контролера следственного изолятора в Улан-Удэ. В результате применения оружия на поражение преступные намерения вооруженных злоумышленников были пресечены. В результате операции один преступник был убит и двое ранены.
За 20-летний период деятельности отряд принял участие более чем в 700-х специальных операциях.
С началом проведения контртеррористической операции на Северном Кавказе отдел специального назначения неоднократно выезжал в Чеченскую республику.
С 2001 года в отделе появилась своя традиция - ежегодное проведение квалификационных испытаний на право ношения Крапового берета, сообщает пресс-служба УФСИН России по Бурятии.