По своему статусу она будет приравнена к прокуратуре субъекта Российской Федерации. В её состав войдут восемь межрайонных природоохранных прокуратур, которые будут расположены в городах Братске, Иркутске, Усолье-Сибирское, Усть-Илимске и посёлке Еланцы Ольхонского района Иркутской области, городах Улан-Удэ и Северобайкальске Бурятии, а также в городе Петровск-Забайкальский Забайкальского края.
Основными задачами, стоящими перед вновь образованной природоохранной прокуратурой генеральный прокурор Российской Федерации Юрий Чайка определил надзор за исполнением законов об охране окружающей среды и природопользовании, соблюдением прав граждан на благоприятную окружающую среду органами исполнительной власти и местного самоуправления, коммерческими и некоммерческими организаций, в том числе управляющих особо охраняемыми природными территориями и особыми экономическими зонами туристско-рекреационного типа.